“两税合一”后的新企业所得税将内资企业所得税率从33%降到25%，可是有一些内资企业却无法享受到这一减税带来的利好。新税法的第一条就明确规定：“个人独资企业、合伙企业不适用本法。”对于会计师事务所和律师事务所这样的合伙制企业而言，这意味着它们承担的相对税率提高了。

“合伙制企业在税改中没有得到好处。”协力律师事务所合伙人严锡忠说。在旧有企业所得税体制下，一般企业主需要缴纳企业所得税和红利税两道所得税，总税率为46.4%；而合伙制企业的合伙人只需要按照个体工商户所得税税率缴纳一道税，总税率为35%（见表格：合伙制企业相对税率变化）。严锡忠认为这一11.4%的税率优惠可以被视为对合伙制企业承担无限责任的风险溢价。而在即将实行的新税制下，一般企业的总税率下降到了40%，而合伙制企业的税率仍然不变，两者之间的“溢价”大为缩小。

“很多企业长期不分红，25%的税率要低很多，而我们35%的税率却没有任何办法去控制或者递延，更无法平衡年度之间的收入变化。”严说。更令人担心的是一些律师事务所或会计师事务所可能因此从合伙制转向有限责任的公司制，因为这样做不仅可以不再担负无限责任，而且还可以在一定范围内调配和控制自己的税收。“（新税法）发出了一个错误的信号，可能导致专业机构的公信力下降，”严说，“（新税法显示出）国家长期以来重视生产，却不重视中介对现代服务业的重要作用。”中国目前超过80%的律师事务所是合伙制。

严同时认为，新法将合伙制企业剔除在外，丧失了解决立法与实践脱节的机会，因为实际上合伙制企业在会计核算上与其他企业没有任何的区别，唯一的不同就是企业所得税征税的税率不同。在企业税收上套用个税的处理，实际的做法就是将应缴所得税平摊在律师事务所的各个合伙人头上，结果又导致一些合伙人的所得税实质上的申报不实，因为每个合伙人的收入仍然有差异。

严锡忠建议，应该仿效国外的一些做法，规定合伙制企业仍然应按照一般企业标准缴纳所得税，但是有鉴于合伙制企业无限责任的风险，规定所得税为零。合伙人如果支取工资或者分得红利，则按照个税标准缴纳个税。　

上海财经大学朱为群教授则认为，新企业所得税法与其说是对合伙制企业的疏漏，不如说暴露出个人所得税的许多问题。他提出个税无论是针对个人的九级累进还是针对个体工商户的五级累进都过于复杂，同时个税不同类别收入的税率不同也有欠公平。他认为，如果在保留源头上代扣代缴的同时，施行没有差别的统一税率，则合伙制企业将保持只征一道税的优惠“溢价”。

当新企业所得税法的实施细则还在众多专业人士的期盼中迟迟没有颁布的时候，业界对新法一些细微处的激烈讨论无疑是一大进步。无论是严锡忠还是朱为群都提出，立法的过程中如果能扩大民众的知情权、让更多人士参与到立法前的讨论中去，无疑将有助于帮助新法解决“立法和实践”之间的矛盾。